Nirvana đột phá vào dòng nhạc chính thống nhờ Nevermind là album phát hành với hãng đĩa lớn vào năm 1991. Tuy ước tính chỉ bán được số lượng khiêm tốn – hãng DGC Records dự đoán album chỉ bán được 50.000 bản[8] – Nevermind lại gặt hái thành công rực rỡ, góp phần truyền bá phong trào grunge Seattle và alternative rock nói chung.[9] Dù vậy, về sau cả ba thành viên Nirvana – ca sĩ kiêm tay guitar Kurt Cobain, tay bass Krist Novoselic và tay trống Dave Grohl – đều không hài lòng với âm thanh của album vì cho rằng nó được trau chuốt quá.[10] Đầu năm 1992, Cobain tiết lộ với tạp chí Rolling Stone anh chắc chắn album tiếp theo của ban nhạc sẽ thể hiện "hai thái cực" trong âm nhạc của Nirvana, vì "một số ca khúc sẽ thô hơn còn một số khác sẽ thiên về candy pop hơn. Nó sẽ không một chiều [như Nevermind]."[11] Cobain muốn bắt tay thực hiện album vào mùa hè năm 1992 nhưng không được do Cobain, Novoselic và Grohl sống ở các thành phố khác nhau, và do con gái anh là Frances Bean sắp chào đời.[12] DGC hy vọng album mới của ban nhạc sẽ sẵn sàng phát hành vào mùa lễ cuối năm 1992, nhưng vì tiến triển chậm nên hãng đĩa đã phát hành album tổng hợp Incesticide vào tháng 12 năm 1992.[13]

Trong một bài phỏng vấn với tạp chí Melody Maker vào tháng 7 năm 1992, Cobain tiết lộ với ký giả người Anh Everett True là anh muốn hợp tác thu âm với Jack Endino (người đã sản xuất album đầu tay của ban nhạc là Bleach) và Steve Albini (cựu thủ lĩnh ban nhạc noise rock Big Black và nhà sản xuất của nhiều album indie khác nhau). Cobain cho biết anh sẽ chọn ra tư liệu tốt nhất từ các buổi thu để thêm vào album tiếp theo của nhóm.[14] Tháng 10 năm 1992, Nirvana thu âm một số ca khúc demo (chủ yếu không lời) cùng Endino tại Seattle. Về sau, họ thu âm lại vài ca khúc trong số này cho In Utero.[15] Endino cho biết ban nhạc không mời ông sản xuất đĩa nhạc tiếp theo, nhưng để ý các thành viên nhóm thường bàn cãi xem có nên hợp tác với Albini không.[16] Cả nhóm thu âm một loạt demo nữa khi lưu diễn tại Brazil vào tháng 1 năm 1993.[17] "Gallons of Rubbing Alcohol Flow Through the Strip" được kỹ sư âm thanh Craig Montgomery thu âm tại BMG Ariola Ltda, thuộc Rio de Janeiro, trong một buổi thu demo dài ba ngày. Bài này vốn có tựa "I'll Take You Down to the Pavement," hòng ám chỉ một trận cãi vã giữa Cobain và ca sĩ chính của Guns N' Roses là Axl Rose tại lễ trao giải Video Âm nhạc của MTV năm 1992.[18][ghi chú 1]

Cuối cùng Nirvana chọn Albini để thu âm cho In Utero.[20] Albini nổi tiếng là một người có nguyên tắc và ngoan cố trong giới indie Mỹ. Có người đoán ban nhạc chọn Albini vì ông có xuất thân từ giới nhạc ngầm, nhưng Cobain thổ lộ với tờ Request vào năm 1993, "Nói chung, tôi muốn làm việc với anh ấy vì anh ấy tình cờ là người sản xuất hai đĩa nhạc tôi rất thích, là Surfer Rosa [của Pixies] và Pod [của The Breeders]." Lấy cảm hứng từ hai album này, Cobain muốn mượn kỹ thuật nắm bắt âm nền tự nhiên trong phòng của Albini thông qua việc sắp đặt và sử dụng nhiều micro, một điều mà các nhà sản xuất trước của Nirvana ngần ngại không muốn thử.[21] Nhiều tháng trước khi cả nhóm tiếp xúc với Albini để mời hợp tác, người ta đã đồn đại Albini sẽ là người thu âm album. Albini phủ nhận với báo chí âm nhạc Anh việc mình tham gia, nhưng vài ngày sau lại được quản lý của Nirvana gọi điện bàn bạc về dự án.[22] Tuy gọi ban nhạc là "R.E.M. với một hộp fuzzbox"[ghi chú 2] và "một phiên bản tầm thường của âm nhạc Seattle," Albini kể với nhà viết tiểu sử Michael Azerrad là mình nhận lời vì thấy tội các thành viên ban nhạc, mà ông coi là "cùng loại người với các ban nhạc vặt vãnh khác mà tôi tiếp xúc," hoàn toàn bị hãng thu âm của mình kiểm soát.[23] Trước khi bắt đầu thu âm, ban nhạc gửi Albini một cuốn băng demo thu ở Brazil. Đổi lại, Albini gửi Cobain album Rid of Me của PJ Harvey để cho anh biết đại khái về hệ thống âm thanh tại phòng thu mà họ sẽ ghi âm.[24]